Der in Lübeck geborene Rüdiger Bohn studierte Klavier und Dirigieren an Konservatorien in Köln und Düsseldorf. Unter seinen zahlreichen Auszeichnungen auf Wettbewerben sind vor allem die von Florenz und Bordeaux zu nennen, nach denen er als Klaviervirtuose auftrat, bevor er sich durch die Teilnahme an Meisterklassen von Leonard Bernstein, Sergiu Celebidache und Sir John Eliot Gardiner auf das Dirigieren konzentrierte. Er sammelte Erfahrungen als Musikalischer Assistent am Théatre de la Monnaie in Brüssel und anschließend als Chefdirigent an den Theatern von Basel und Lübeck.
Er arbeitete ebenfalls als Gastdirigent an der Oper von Nancy und dem Staatstheater Darmstadt, auf der Münchner Biennale, am Teatro Communale in Bologna sowie mit den Orchestern des RAI in Rom und Turin, dem Orchestre de la Suisse Romande als auch dem Orchestre de Chambre de Lausanne. Rüdiger Bohn ist außerdem besonders engagiert bei Aufführungen der Neuen Musik, die er u.a. beim Warschauer Herbst, mit dem Klangforum Wien, dem Österreichischen Ensemble für Neue Musik, auf den Salzburger Festspielen, den Darmstädter Ferienkursen und speziell an der Zeitgenössischen Oper Berlin dirigierte, deren Gründer und Musikalischer Leiter er ist. Opern von Henze, Kagel, Battistelli, Feldman, Reimann, Hölsky, Scarrino, Maxwell Davies und Rihm sind dort unter seiner musikalischen Regie aufgeführt worden, ebenso wie ein Musiktheaterstück von Qu Xiao-song (eine Koproduktion mit der Münchner Biennale) und Zenders Don Quixote (einer Koproduktion mit der Komischen Oper Berlin).
Rüdiger Bohn arbeitete als Gastdirigent mit internationalen Orchestern wie dem Koreanischen Symphonieorchester, dem Seoul Philharmonic Orchestra, der Deutsch-Polnischen Werkstatt für Neue Musik beim Warschauer Herbst, dem Ensemble TIMF beim Tongyeong International Music Festival und auf der Münchner Biennale.
Seit Oktober 2005 arbeitet Rüdiger Bohn als Professor für Dirigieren an der Robert-Schumann-Hochschule in Düsseldorf.