Thüringens größtes Konzertorchester wurde 1934 gegründet und hat seit der Grenzöffnung durch Gastspiele in ganz Deutschland und in vielen Ländern Europas eine nationale und internationale Anhängerschaft gefunden.
Jüngste Erfolge feierte das Orchester mit Konzerten bei Radio France beim Festival Printemps Musical in Paris, beim Eröffnungskonzert zum 38. Internationalen Festival Wratislavia Cantans in Polen und beim Festival Sagra Musicala Malatestiana im September 2004 in Rimini.
Mit den der Philharmonie angeschlossenen drei Chören nimmt das gesamte Repertoire der Chorsinfonik einen wichtigen Platz in der Arbeit des Orchesters ein. In Zusammenarbeit mit dem Deutschen Musikrat fördert das Orchester in Seminaren unter Leitung von namhaften Dirigenten den internationalen Dirigentennachwuchs.
Mit thematisch gestalteten Konzertreihen und der Einbeziehung unterschiedlicher Musikgenres hat die Jenaer Philharmonie durch innovative Impulse große Aufmerksamkeit gewonnen: Die deutschen Musik-Verleger wählten die Jenaer dreimal zum Orchester mit dem besten Programm des Jahres. Mehrere CD-Einspielungen dokumentieren die Qualität des Orchesters.
Im September 2004 startete die Jenaer Philharmonie die Aktion "Musiker in der Schule". Im Rahmen dieses musikalisch-pädagogischen Angebots besuchen Kammermusikensembles des Orchesters die Schülerinnen und Schüler vor Ort, stellen die Instrumente vor und bieten so innerhalb des Musikunterrichts "Musik zum Anfassen".
Seit Beginn der Spielzeit 2003/2004 ist Bruno Scharnberg Intendant der Jenaer Philharmonie, Nicholas Milton ist Generalmusikdirektor seit der Spielzeit 2004/2005.